一些貴族逐漸控制了國家政事，如果新登基的天皇年幼或身為女性，由貴族擔(dān)任的關(guān)白等攝政大臣甚至可以代替天皇，天皇逐漸淪為國家的傀儡。在這一時(shí)期，被幕府流放的、殺害的、任意廢立的天皇并不少見，顯然，在那時(shí)的幕府及國家實(shí)權(quán)派眼中，天皇并非神圣不可欺，天皇無疑是國家權(quán)力斗爭中弱勢的一方。
鐮倉幕府建立后，國家大權(quán)更是掌握在武士們手中，他們?yōu)閲抑品�，還將朝內(nèi)的敵對大臣驅(qū)逐出去，他們擁有全國大部分地區(qū)的軍權(quán)。
17世紀(jì)，定“武士道”之名的山鹿素行也認(rèn)為，武士因?yàn)樘旎省笆У隆眲儕Z了天皇的權(quán)力，不能算篡權(quán)。從戰(zhàn)國時(shí)代開始，直到江戶時(shí)代，將軍都是日本實(shí)際權(quán)力的象征，也就是說，這一時(shí)期的天皇根本沒有政治權(quán)力。
本居宣長是日本歷史上最著名的國學(xué)大師之一，他的學(xué)說對日本文化有著深遠(yuǎn)影響，而“天皇統(tǒng)治，萬世一系”的說法，也由他正式提出。本居宣長不滿中國的朱子學(xué)在日本大行其道，希望重新確立日本文化的自主性，他認(rèn)為《古事記》和《日本書紀(jì)》中的古代傳說表明，日本有完全不受佛教和儒教浸染的獨(dú)特文化，這種文化才是日本文化的“真心”，作為神裔的天皇的存在，讓日本不同于世界上的其他國家，天皇是神圣的，日本也是神圣的，在整個世界上，只有日本才有資格承擔(dān)起統(tǒng)治世界的責(zé)任。
治學(xué)之人必要嚴(yán)謹(jǐn)客觀，和本居宣長同時(shí)代的一些學(xué)者，比如上田秋成、津田左右吉等都先后指出了本居學(xué)說中的漏洞，認(rèn)為本居宣長不應(yīng)該把《古事記》和《日本書記》中的神話傳說當(dāng)作歷史事實(shí)，將現(xiàn)實(shí)和神話混淆一體。對這兩部史書研究多年的津田左右吉還認(rèn)為，神武天皇，即日本第一代天皇由神變?nèi)说墓适赂揪褪呛笕硕抛�。近代學(xué)者加藤周一在《日本文學(xué)史序說》中，再次指出本居宣長學(xué)說中的這一謬誤，并認(rèn)為本居宣長的這種神秘化天皇的學(xué)說，具有明顯的民族主義傾向。
然而，由于種種原因，本居宣長這種漏洞頗多的學(xué)說在后來卻贏得了大部分日本人的認(rèn)同，幕府末期，“萬世一系”的概念又被推崇王權(quán)的人士利用，直接影響了近代天皇制概念的產(chǎn)生，而在明治政府的幾經(jīng)努力下，“天皇神圣”、“日本國是神圣之國”的觀點(diǎn)逐漸深入社會各階層的內(nèi)心，成為明治政府鞏固統(tǒng)治的思想教化手段中的重要內(nèi)容。
從表面上看，日本天皇確實(shí)是“萬世一系”，菊花王朝堪稱世界上歷史最長的王朝，從建立至今，擁有著125位天皇，雖經(jīng)過不少坎坷，卻從沒有被其他王朝取代過，直到今天依然存在。但深究起來，就會發(fā)現(xiàn)，“萬世一系”不過徒有其表罷了，天皇在絕大多數(shù)時(shí)間里，都不是國家權(quán)力的中心。
日本戰(zhàn)敗后，關(guān)于天皇家族是否“萬世一系”的爭論從未停止。上個世紀(jì)50年代的日本歷史學(xué)家井上清認(rèn)為，天皇制在日本歷史上時(shí)斷時(shí)續(xù)，近現(xiàn)代的天皇制和古代天皇制完全是兩個不同的概念，從本質(zhì)上看，菊花王朝根本稱不上“萬世一系”，今天日本人眼中的天皇制的歷史并不長久，19世紀(jì)后半期的“王政復(fù)古”就是它的源頭，讓它確立下來的就是1889年制定的《大日本帝國憲法》。
安丸良夫在《近代天皇制的形成》中也有和井上清類似的觀點(diǎn)。但安丸良夫個人的境遇卻更能反映戰(zhàn)后日本知識分子思想變化的艱辛。曾幾何時(shí)，安丸良夫本人也像千千萬萬個日本人一樣對天皇“萬世一系”的說法深信不疑，并相信由天皇宣布、支持的戰(zhàn)爭是“圣戰(zhàn)”，是絕對正義公道的，當(dāng)天皇宣布投降的聲音從廣播里傳來，安丸良夫還按捺不住失落的心情，流下了眼淚。
全盤否定自己曾經(jīng)的思想對任何一個人來說都極其痛苦，需要極大的勇氣，更何況以思想著稱的學(xué)者。很多人終其一生都不敢正視自己的失敗，日本在戰(zhàn)敗后也依然有不少學(xué)者名流，固執(zhí)地堅(jiān)持天皇是神的說法，并繼續(xù)對天皇頂
